К началу 1953 года Хуану Мануэлю удалось поправить здоровье и контракт с Maserati вновь был подписан. Но пилоты "Феррари" были в отличной форме и аргентинцу удалось выиграть лишь одну гонку в Монце, заняв в итоге второе место в чемпионате. Сразу после окончания сезона Фанхио пригласила к себе команда "Мерседес Бенц" и он согласился, подписав контракт на 1954 и 1955 год. Но к началу сезона немецкая команда не успела подготовить свои автомобили и первые две гонки, в Буэнос Айресе и Спа, Фанхио выступал за Maserati и одержал две победы. Потом были еще 4 победы за "Мерседес" и второй чемпионский титул.

В 1955 году партнером Фанхио оказался молодой англичанин Стирлинг Мосс, и между двумя гонщиками быстро возникло глубокое уважение. На "Гран-при Великобритании" в Эйнтри Фанхио на финише немного уступил, позволив всем считать, что его обошел молодой коллега. Но после трагедии в Ле Мане, когда в результате вылета с трассы Пьера Левье погибло множество случайных людей "Мерседес" заявил о своем уходе с соревнований. Четыре "Гран-при" были отменены. Победив в четырех гонках из шести аргентинец в третий раз стал чемпионом мира.

На сезон 1956 года контракт с Фанхио решила подписать "Феррари", которая после слияния с "Lancia", стала носить название "Lancia Ferrari". Собственно болидом служила "Lancia D50" образца 1955 года, но несколько модернизированная. Но тяжелая моральная обстановка в команде не устраивала Фанхио и получив четвертый чемпионский титул решил вернуться в "Maserati" после того, как Мосс ушел в команду "Vanwall". Последний полный сезон 1957 года принес Фанхио победы в Аргентине, Монако, Реймсе и Нюрбургринге. Триумф в Нюрбургринге закрепил за ним пятый титул чемпиона и был самым красивым за всю его карьеру. "Примерно на половине дистанции я остановил "Мазерати" в боксах для замены резины и потерял много времени по отношению к "Феррари" Хоторна и Коллинза", вспоминал Фанхио, "но вернувшись на трассу, начал устанавливать рекорды круга друг за дружкой и быстро догнал парней. Входя в очередной поворот на скорости более высокой чем обычно, я использовал травяной газон (в тот день там не было ни бордюров, ни отбойников), как трамплин, и это сработало. Те двое впереди меня были сильно изумлены". А в то время ему было 46 лет !!! После двух гонок 1958 года, в которых он финишировал лишь четвертым он почувствовал, что устает. Чемпионский титул, как цель гонок, перестал его интересовать и, потеряв должную мотивацию он решил уйти из гонок. На последнем этапе в Реймсе Майк Хоторн на своем "Ferrari Dino 246", несколько притормозил перед финишем, чтобы не обогнать Фанхио на круг. Слишком велико было уважение к этому человеку. "Чемпион должен уйти чемпионом" - сказал Фанхио, после финиша.

После окончания гоночной карьеры фирма "Мерседес" предложила Фанхио возглавить ее представительство в Аргентине. Он очень часто помогал молодым пилотам в поисках команд и спонсоров, вел активную общественную жизнь, пропагандируя спорт, у себя на родине в Аргентине. Его часто приглашали на открытие сезона и любой гонщик считал за честь пожать руку самого великого из пилотов. У себя на родине, в маленьком городке Балцарс Фанхио открыл музей гоночных машин. В этой коллекции есть "Renault- turbo", за рулем которого когда-то сидел Ален Прост. Машина была собственностью этого великого французского гонщика, но Ален пожертвовал ее для музея. Несмотря на преклонный возраст от него всегда исходила уверенность, спокойствие и оптимизм. "Я прожил счастливую жизнь", говорил он журналистам. Наверное, так оно и было. В субботу, 15 июля Хуан Мануэль Фанхио был госпитализирован в центральную больницу Буэнос Айреса с диагнозом "пневмония и почечная недостаточность". В понедельник, 17 июля 1995 года, в возрасте 84-х лет, пятикратный чемпион "Формулы-1" скончался. Лука де Монтезомоло назвал Фанхио самым выдающимся пилотом "Формулы" в те дни, когда они носили "кожанные шлемы и изумленные взгляды". "Мы все учились у него по-настоящему чуствовать автомобиль". Похороны состоялись во вторник, 18 июля 1995 года, на родине Хуана Мануэля Фанхио в городе Балцарс.